作为第一作者及指导研究生发表论文近200篇,其中三大检索40篇。其中与指导的博士研究生合作的论文《边坡地震动力响应规律及地震动参数研究》，获2010年度中国100篇最具影响国内学术论文（中国科学技术信息研究所颁证）；参编专著3部。近年来发表的有代表性的论文如下：

1.         Yao Lingkan,Huang Yuan,Lu Yang.Self-Organized Criticality and its Application in the Slope Disasters under Gravity.SCUEBCE IN CHINA (Series E).(SCI收录)

2.         姚令侃, 黄艺丹，杨庆华. 地震触发崩塌滑坡自组织临界性研究. 四川大学学报(工程科学版). 2010, 42(5): 33-43。(EI收录)

3.         姚令侃,方铎.非均匀沙自组织临界性及其应用研究.水利学报,1997,(3):26-32.

4.         Yao Lingkan,Fang Duo.On the Self-Organized Criticality of Non-uniform Sands[J].International Journal of  Sediment Research,1998,13(3):19-24.(EI收录)

5.         姚令侃,李仕雄,蒋良潍,自组织临界性及其在散粒体研究中的应用.四川大学学报(工程科学版),2003,35(1):8-14.

6.         YAO Lingkan, Qi Ying,Fractal Characteristics of Gravity Landform and its SOC Mechanism.Wuhan University Journal of Natural Science,July 2007,12(4):577-768.(EI收录)

7.         姚令侃,陈强.“5·12”汶川地震对线路工程抗震技术提出的新课题.四川大学学报(工程科学版),2009,41(3):43-50.(EI收录)

8.         姚令侃,冯俊德,杨明.汶川地震路基震害分析及对抗震规范改进的启示.西南交通大学学报,2009,44(3):301-311.(EI收录)

9.         姚令侃,朱颖.高地震烈度艰险山区选线关键科学问题.复杂艰险山区铁路选线与总体设计论文集.北京:中国铁道出版社.

10.     姚令侃.非线性科学在土木工程中的应用.学术动态报导,1998,(1):1.

11. 罗圆,姚令侃,朱颖 杨明 基于效用理论的铁路选线方案比选模型 西南交通大学学报 6（48）:1008-1015. 2013.12（EI）

12. 张祖武，林余辉，姚令侃 地震行波作用下山脊震裂现象的物理机制探讨 灾害学  2 ：161-165. 2013.

13.王建，姚令侃，黄艺丹 汶川地震道路震害及对新建川藏交通干线的启示土木工程学报 S2:272-277. 2013. （EI）

14.刘翠容，姚令侃，杜翠，杨庆华 震后灾区泥石流阻塞大河判据与成灾模式试验研究 土木工程学报 S1：146-152.2013（EI）

   15. 邱燕玲，姚令侃，徐光兴 基于震害机理的挡墙工点修复处治技术 土木工程学报 S1 160-165. 2013（EI）

16.WANG Jian, YAO Lingkan, Arshad Hussain. 2010. Analysis of Earthquake-Triggered Failure Mechanisms of Slopes and Sliding Surfaces. Journal of mountain science, 7(3): 282～290.(SCI)

17. 姚令侃，黄艺丹，杨庆华 地震触发崩坍滑坡自组织临界性研究[J] 四川大学报（工程科学版）2010 42（5）pp：33-43.(EI)

18.  姚令侃，邱燕玲，魏永幸 青藏高原东缘进藏高等级道路面临的挑战[J]  西南交大学学报 2012.10 47（5）pp:720-734.(EI0

19 DU Cui, YAO Ling-kan, SHAKYA Subhashsagar, LI Lun-gui, SUN Xiao-dan Damming of Large River by debris flow: Dynamic Process and Particle Composition[J] Journal of Mountain Science. (2014) 11 pp 634-643.Doi: 10.1007/s11629-013-2568-2.(SCI0